El Laboratorio de Virología Molecular y Control de Patógenos tiene como objetivo principal avanzar en el conocimiento científico y generar nuevos descubrimientos e innovaciones que impacten positivamente en la sociedad. Específicamente, se trabaja con virus humanos y animales como peces (salmones) y cerdos, especialmente virus como el ISAV, IPNV y PRV para salmones, y el Circovirus porcino para cerdos. Estudia las características genéticas de estos virus, y desarrolla vacunas utilizando tecnologías como vacunas inactivadas o vacunas recombinantes tipo VLPs (partículas similares a virus) expresando proteínas en sistemas heterólogos como bacterias (E.coli) y células de insecto con baculovirus. 

También desarrolla métodos de diagnóstico molecular como PCR, secuenciación de genes y métodos citológicos como CISH. Además, estudia las estructuras de las proteínas virales y bacterianas mediante modelamiento computacional, y evalua la actividad viricida de nanopartículas metálicas. Adicionalmente, el laboratorio realiza diagnóstico y vigilancia genómica del SARS-CoV-2, el virus causante de la COVID-19.