El laboratorio de microbiología perteneciente a CECTA, ofrece servicios analíticos que cubren principalmente el Reglamento sanitario de los alimentos en el área microbiológica, los que son complementados con capacidades científicas y técnicas que permiten realizar estudios de vida útil, evaluación microbiológica de ambientes, superficies, equipos, utensilios, manipuladores, inspecciones sanitarias, entre otros. Estos servicios están orientados a la alimentación humana y animal, tanto a nivel de materias primas, como productos terminados. Todo esto se complementa con un equipo de profesionales calificados, con experiencia en los análisis propios de la disciplina.