El BioMA lleva a cabo investigaciones que buscan comprender el impacto de las actividades humanas sobre los ecosistemas de bosque, focalizándose en especies con problemas de conservación, así como especies relacionadas con la dinámica de la madera muerta, incluyendo los pájaros carpinteros y aves que se alimentan sobre los troncos, los insectos  saproxílicos, vertebrados e invertebrados que usan cavidades, así como organismos epífitos. BioMA también aborda los problemas socioeconómicos derivados de la crisis ambiental que impactan actividades silvoagropecuarias como la apicultura, ganadería, y cultivos tradicionales. En otra línea busca comprender cómo los cambios ambientales globales se transmiten e impactan los ecosistemas y favorecen la propagación de especies invasoras y enfermedades.