El Laboratorio centra su investigación en la interacción entre plantas y microbiomas, explorando tanto el impacto de condiciones ambientales adversas como el papel de las comunidades microbianas en la adaptación y desarrollo vegetal. En colaboración con investigadores nacionales e internacionales, el laboratorio estudia respuestas transcriptómicas de especies como durazno, cereza y vid frente a estrés hídrico, salino y déficit nutricional, así como el papel de microorganismos en ambientes extremos de Chile y Perú, como el Desierto de Atacama. 

Además, el laboratorio emplea herramientas bioinformáticas avanzadas para ensamblar y analizar genomas de bacterias y hongos desde muestras de suelo, generando conocimiento fundamental para aplicaciones agrícolas y el entendimiento de los mecanismos ecológicos que favorecen el establecimiento vegetal en zonas extremas.